继(jì )续(xù )延续(xù )上(shàng )一季的剧(jù )情，原来穆德(dé )受(🚴)了(🧣)骗(🤖)，及时发(👣)觉错误(🈁)后和(hé )史考莉(🏉)串(🥊)通好来(lái )骗(piàn )政府高层，以潜(qián )入(rù )一(yī )个“作为一个普通FBI特(📟)别探(💯)员不该进入的地(dì )(🐡)方(fāng )”搜集需要(yào )的资(zī )料。本季(jì )发展越(yuè )来越精彩，一些没有(🚲)被完全改(🔙)造的混血外星人联合起(qǐ )来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子(🔪)宫(gōng )被(bèi )移(🛃)除，但今年却出现(xiàn )了她的(de )孩子(🚤)——艾蜜莉。今年制作小组甚至(🔬)找了两位(wèi )知(zhī )名科幻(huàn )(🐱)小(🖱)说家操笔，客串写(💨)出两集剧本。另外今年也有(👆)一集(🏗)喜剧。整(zhěng )出(chū )X档案为了配(🐸)合电影的(de )上映(🔮)，加入(🔝)了一(yī )些角(😻)色及内(🍗)容(róng )(😄)，“辛(xīn )迪加”组(👧)织(zhī )(🐼)的阴谋越(yuè )来(lái )越明(míng )(🌽)显，穆德再一(🦄)次接近(jìn )事实的真(🍐)相。穆(🌮)德前(❗)女友的出现也(🤳)对穆德与史考莉(lì )间的(🦀)关系做出重大考(📒)验。该季结束于吸烟人烧毁(huǐ )了所(💓)有X档(dàng )案(💦)卷宗。