第(dì )二集中，尼奥(ào )（基努·里维斯(sī ) Keanu Reeves 饰(💹)）(💔)没有能从内(🛎)部摧毁“母体”，他(tā )的身体(tǐ )在真实世(shì )界(jiè )的飞船上陷于昏迷(😝)，思想(xiǎng )却(què )被困在介于“母体”和真实世界(jiè )的中间地带，这个(🍽)地方(🔞)由(🏴)“火车人”控制。墨菲(🖍)斯（劳伦斯(🌸)·菲什伯(bó )恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯(kǎi )(🚩)瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）(🐅)等(děng )人知(✒)道了(le )尼(🙅)奥(ào )的情况，在(zài )守护天使的带领下(xià )， 找到了“火车人(rén )”的控制者(😼)梅罗纹(♟)奇，经过一番激斗(🍗)，将尼奥救了出来。此时，电(🏃)子乌(😀)贼(🔄)部队对锡安发起了猛烈的攻(🐁)击，人类(lèi )组织(🗺)所有机甲战士展开顽强(qiáng )的抵(dǐ )抗(kàng )，形势危在旦(📜)夕(xī )；尼奥和(🦋)崔(😄)妮(nī )蒂驾驶了(le )一艘飞船克(kè )服重重(🔤)困(🤨)难，到达(dá )机(🥐)器(🍶)城(chéng )市，尼奥终于(yú )见到了机器世(shì )界的(🖼)统(tǒng )治(zhì )者“机器(🥑)大帝”，双(shuāng )(👋)方谈判并达成了协议：尼(ní )奥除(chú )掉不受(🥟)“母体(tǐ )”控(kòng )(🔀)制(🥗)的史(shǐ )密斯(sī )，以换(🕰)取(🤜)锡安(🍚)的(de )(🚝)和(hé )平。在(🥚)“母体”中(zhōng )，尼(😾)奥和史密(🌭)斯(sī )(🍙)展开了关系人类(lèi )生死存亡的(🖇)最(📈)后决斗(dòu )。