继续延续上一(💠)季(👺)的剧情，原来穆德(🧟)受了骗，及时发觉(jiào )(🗳)错误(🈁)后(❕)和史考(kǎo )(💔)莉串通好来骗(💍)政府高层，以潜(qián )入(rù )一个“作为一个普通(tōng )FBI特别探员不该进入(rù )的(🎥)地方”搜(📧)集需(xū )要的(de )资(zī )料。本季(jì )发展越(yuè )来(♌)越精彩，一些没有被完全改造的混(🐖)血外星(🔫)人联合起(qǐ )来(lái )抵抗殖(zhí )民(mín )阴(🍁)谋。史(🕕)考(kǎo )莉被绑(📤)架时子宫(gōng )被(bèi )(👚)移除(chú )，但今年却出(chū )现了(le )她的孩子——艾蜜莉(lì )。今年制作小(👅)组(🈳)甚(🐈)至(🔬)找了两位知名科幻小说(💛)家操笔，客串写出两(🙅)集剧本。另外今年也有一集(🏗)喜剧(jù )。整出X档案为了配(🐸)合(🍈)电(🕌)影的上映，加入了(le )一些角色及内(nèi )(🍗)容，“辛迪(dí )加”组织(🐼)的阴谋(🥈)越来越明(🌽)显(xiǎn )，穆德再一次接近事(shì )实的真相(xiàng )(🚔)。穆德前女(🚹)友(😓)的出(🏓)现(xiàn )(⏩)也对穆德与(yǔ )史考(kǎo )莉间的(🦀)关系做(zuò )(🤙)出重大考验。该季结束于吸烟人烧(shāo )毁了所有X档案(💦)卷宗。