第二集中，尼奥(ào )(💠)（基(jī )努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内(nèi )部摧(cuī )毁“母体”，他的(🌹)身(shēn )(⛏)体在真实(shí )世界的飞船(chuán )上陷于昏迷(😝)，思想却被(bèi )困在介于“母(mǔ )体”和真(🔤)实世界的中间地(♌)带，这个地方由(yóu )“火车(chē )人”控(kòng )制(👄)。墨菲斯（(💣)劳(láo )伦斯·(📞)菲什伯(🚽)恩(🎐) Laurence Fishburne 饰）(✖)和(🕺)崔(💑)妮蒂（凯(kǎi )瑞-安·莫(mò )斯(sī )(🈺) Carrie-Anne Moss 饰）等人知道(💨)了尼奥(ào )的(de )情况，在(zài )守护天使的带领下， 找到了(🎆)“火(huǒ )车(chē )人(rén )”的控制者梅(🔮)罗(🈺)纹奇，经过一(😻)番激斗，将尼奥救了出(👡)来。此时，电子乌贼部队(duì )对锡(🖌)安发(fā )起(qǐ )了猛烈的攻(gōng )击(jī )，人(rén )类组织所(suǒ )有(yǒu )机(😀)甲战士展开顽强(🐩)的抵(😜)抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一(👚)艘飞船(chuán )克(kè )服(⏭)重(🐺)重(chóng )困难，到(dào )达机器城市，尼奥(📊)终于见(jiàn )到了机器世(shì )界(jiè )(👻)的统(tǒng )(💁)治者“机器(🥑)大(📏)帝(🤥)”，双方(✉)谈判(🎑)并(bìng )(📐)达成了(le )协议(🙈)：尼(🏐)奥除掉不受“母体”控制的(🔹)史密斯(sī )，以(yǐ )(🎴)换(🕰)取锡(xī )安的和(🙂)平。在(zài )“母体”中，尼(ní )奥和史(shǐ )密斯(🍙)展开了(le )关系人类生死存亡的最后决斗。